《我的奇妙男友》以一个离奇的车祸开场，娱乐圈二线女星田净植（吴倩 饰）与一辆装载着神秘棺材的货车相撞。这场意外让净植的血液流入棺材，唤醒了里面沉睡的薛灵乔（金泰焕 饰）。薛灵乔是一个拥有超乎常人的能力和永恒生命的“基因突变人”，他因为一百年前的一场阴谋而身体被抽干血液，被迫在棺材中度过漫长岁月。然而，他的命运因净植的出现而发生了转变。薛灵乔不仅救下了受伤的净植，还逐渐走进了她的生活。两人之间的情感纠葛和神秘事件逐渐展开，揭示了一个跨越时空的爱情故事和一个隐藏在幕后的巨大阴谋。
