《无间有爱》的故事围绕冯毅和刘一魁这对失散多年的兄弟展开。他们在街头流浪，相依为命，却因一次偶然的机会被“爱国会”的重要领导于先生收留，并接受严格的训练。十二年后，袁世凯担任临时大总统，其手下军阀齐允天密谋割地卖国，爱国会成员刘一魁试图破坏齐大帅与英国特使的秘密签约，却反被齐大帅误认为是革命党人，险些丧命。冯毅意外救下齐大帅，却因此被卷入一场复杂的政治斗争。刘一魁在救出花儿的过程中，身陷危机，幸得小雪相救。小雪对这位身怀大义的英雄心生敬意。为了再次建功，冯毅设下圈套引诱爱国会，却不料反被刘一魁所救。齐允天为了试探冯毅，派他去杀于先生，冯毅为了大局，毅然决定牺牲自己的义父。高升为上海缉察队的副队长，同时也成为齐允天的心腹。与此同时，刘一魁对小雪产生了感情，而花儿则对冯毅情有独钟。各方势力因密约即将重新签订而行动起来，爱国会的破坏行动失败，齐允天声东击西，秘密签下割让条约。冯毅为了追缉开枪人，与刘一魁在暗巷里重逢，二人拔剑相向，冯毅故意让步，陷入危机。关键时刻，花儿出现救走了冯毅。爱国会为了拿到密约，让花儿假扮齐允天失散多年的女儿进入大帅府；花儿为了得到冯毅的爱情应允，做了齐大帅的掌上明珠。齐允天担心大总统误会他拉拢日方，婉拒了一直觊觎花儿的日本人江口和也的提亲，反而决定让冯毅与花儿定亲，借旅游之名，让二人亲送密约给袁大总统。冯毅与花儿的亲事，得罪了乔小芝，她向自己多年的倾慕者孔艳艳求助，展开报复齐大帅的自私自利。花儿意外发现小雪才是齐大帅的亲生女儿，两人决定联手对抗曹大帅。在追查密约下落的途中，冯毅与刘一魁重逢，二人并肩作战逃出敌阵。孔艳艳带回的木盒在剧团中间引起了猜疑，大家都以为抢回的是藏宝图，却又引发了更多的欲望与贪婪。最终，密约落到失意戏子碧玲珑的手上，她临死前弄清楚，所谓的“藏宝图”只是一份卖国密约。花儿把密约给了女英雄刘一魁，齐大帅被曹大帅夹持，花儿为了让小雪和她的亲生父亲相见，提出只要大家合力杀了曹大帅，密约就是爱国会的。刘一魁也终于知道了冯毅的身份，最后的战斗中，众人并肩战斗，付出了血的代价之后，卖国密约终于到了爱国会手里。