《三揭皇榜》的故事背景设定在明朝万历年间，这是一个政治动荡、宦官当道的时代。魏忠贤，一个出身贫寒却嗜赌成性的小人物，因赌博典妻弃子，在赌场杀人逃亡后，无奈之下净身投靠皇宫。在皇宫中，他巧遇了旧时的情人客印月，两人狼狈为奸，一路发迹。然而，魏忠贤从未料到，自己遗弃在糕团店内的儿子竟是一颗福星。这个儿子出生时被当作面粉娃娃蒸煮，却大难不死，从此命运多舛。他便是后来被称为“糕团点小老板”的付应星，一个面善心软、嫉恶如仇的人。付应星在误打误撞中三揭黄榜，分别是求雨、为国家重臣治病和去边关与满洲人谈判。在几回磨难中，他得到了胥丽娘的搭救，才得以脱离险境。胥丽娘是当朝重臣熊将军的女儿，因魏忠贤的迫害而遭满门抄斩，她从法场逃脱时受了重创，被好心的付氏母子收留疗伤。付应星身边红颜知己众多，杭州知府周大人的千金周云裳对他用情至深，立誓“非君不嫁”，但两人的感情最终无疾而终。同时，付应星对胥丽娘的丫环查姜女产生了好感，展开了一段剪不断、理还乱的恋情。此外，剧中还穿插了魏忠贤与熹宗皇帝之间的师生情谊，以及他们与付应星之间的斗争。熹宗皇帝虽然形同虚设，大权实为魏忠贤及其东厂党羽所握，但他与付应星十分投缘，倍加赏识，为其加封进爵，宠爱有加。然而，面对亲生骨肉却不得相认的魏忠贤，内心充满了矛盾和挣扎。在一次偶然的机会中，魏忠贤得知这个“肉中刺”竟是他的亲生儿子，这对已经成为宦官的他来说简直是天大的喜事。他开始暗中帮助付应星，频频在各种场合为他说好话，撑台面，想尽办法让“儿子”有愿必达。尽管如此，魏忠贤对付应星的态度却由杀之而后快转为了“护子留根”。这对父子在机缘巧合下成了一对说不清、道不明的宿敌。随着剧情的发展，宫围倾轧、权利之争和宦官当道使得朝廷动荡不安，皇宫也成了阴谋家的战场。熹宗皇帝对应星寄予厚望，命其找到信王朱由俭继位。这一路上，付应星和他的三位挚友将再次与阴险狡诈的魏忠贤斗智斗勇，前途难料，剧情更加扑朔迷离。