《小勇者们~加美拉~》的故事背景设定在美丽的志摩市，这里因交通意外失去了母亲的小男孩相泽透，成为了一个孤独而坚韧的孩子。某天，他在海岛上发现了一块闪烁着神秘红光的石头，石头上还有一枚蛋。出于好奇，透透紧紧握住蛋，没想到竟然从蛋中孵化出了一只小乌龟。透透为这只小乌龟取名为“透透”，并瞒着父亲将其带回家中细心抚养。在家里，原本沉默寡言的透透因为有了透透的陪伴，开始逐渐变得开朗活泼，这让一直担忧他的父亲孝介感到既惊讶又欣慰。然而，透透与小乌透的生活并不平静。透透的青梅竹马西尾麻衣无意间得知了透透和小乌透的真实身份——小乌透是传说中以自爆方式拯救志摩市的怪兽加美拉。麻衣把这个惊人的秘密告诉了透透，让透透意识到自己肩负着重大的责任。为了保护家人和朋友，透透决定将小乌透秘密转移到一个海边的秘密小屋中。与此同时，麻衣也面临着自己的困境。她一直患有心脏疾病，需要进行一次重要的手术。透透为了帮助麻衣，决定将一块能带来好运的绯红色守护石送给麻衣，这块守护石正是透透出生时那颗发出神秘红光的石头。麻衣的母亲得知这件事后，特意打电话来向透透和麻衣表示感谢。然而，命运似乎总爱开玩笑。一天晚上，小屋里的透透突然不见了踪影。透透正四处寻找小乌透时，一头凶猛的蜥蜴怪兽积达士突然出现，它在市镇上大肆破坏，掠食人类。孝介得知消息后急忙赶往现场，试图带着儿子和小伙伴们逃离险境。然而，积达士已经暗中潜伏在附近，准备向他们发起攻击。在这危急关头，一道庞大的身影闪过，将积达士撞开。原来，透透就是年幼的加美拉。虽然透透的体型只有成年加美拉的四分之一，但他凭借坚定的意志和不懈的努力，经过一番激战，终于将积达士打入了大海。然而，在这场战斗中，透透也耗尽了所有的力气，被政府内阁官员带走。小透只能眼睁睁地看着透透被军方押送离开，心中充满了无尽的悲伤和不舍。尽管透透被带走了，但好消息却接踵而至。麻衣的母亲打来电话告知麻衣她的手术非常成功。然而，令人感到奇怪的是，在手术过程中，麻衣一直在梦中念叨着要把守护石还给透透。这个梦境让麻衣感到十分困惑和不安，她不明白为什么自己会如此执着于这块守护石。另一方面，学者雨宫本打算对加美拉进行催长手术，希望它能尽快长大以应对未来可能出现的怪兽威胁。然而，在手术过程中，积达士再次在名古屋登陆，给研究所带来了巨大的冲击。由于透透还未完全成长，他不得不重新迎战积达士。而此时此刻，透透正历经千辛万苦地赶往名古屋，因为他知道守护石必须回到透透的身上，才能让他发挥出最大的力量。透透深知自己无法徒步前往名古屋，于是他请求麻衣归还守护石。然而，麻衣的父母和医生都劝她不要这么做，因为他们认为透透面对积达士完全没有还手之力，这样做太危险了。面对父母的担忧和医生的建议，麻衣感到十分无奈和无助。她真的很想帮助透透，但又不知道该如何是好。