《皮诺曹3000》的故事背景设定在未来世界的斯坎博城，这座由钢铁构建的城市象征着科技与进步。皮诺曹，原本是一个木偶，却因为一场意外变成了金属机器人，这一变化不仅改变了他的命运，也引领他进入了一个充满奇幻与冒险的世界。在这个未来世界里，皮诺曹遇到了各种各样的角色，包括他的父母切巴托博士和塞巴瑞娜，以及邪恶的市长斯坎博尼。斯坎博尼企图将全城的孩子变成机器人，以便于控制和管理，这一阴谋使得整个城市陷入了危机之中。皮诺曹和塞巴瑞娜必须联手对抗斯坎博尼，拯救孩子们，并最终帮助斯坎博尼认识到机器人的局限性，实现救赎。
