《骷髅小兵终成骨王》的故事背景设定在日本战国时代，这是一个动荡不安、诸侯割据的时代。在这个充满战争与阴谋的世界里，一群骷髅小兵意外地获得了神秘的力量，他们原本各自为战，但命运让他们走到了一起。主角，一个失去生命的骷髅小兵，意外地被赋予了领导小兵们的重任。他凭借自己的勇气和智慧，一步步地改变了小兵们的命运，让他们从一群无组织的骷髅变成了有组织、有纪律的战士。
