《E.S.P.Y》的故事背景设定在冷战时期，国联秘密组织“エスパイ”招募并训练拥有超能力的情报人员。田村、マリア、三木是其中的佼佼者，他们各自拥有独特的能力，并在组织中不断成长。随着剧情的发展，三人逐渐卷入了一场针对东欧首相的暗杀计划。在这场充满危险与阴谋的任务中，他们不仅要面对敌人的攻击，还要应对来自内部的背叛与纷争。通过他们的努力，逐渐揭开了这场暗杀背后的真相，同时也展现了超能力者的正义与勇气。
